開山の玉念上人は、天正７年（１５７９年）安土城下の浄厳院で行われた安土宗諭（安土問答）の浄土宗側の首座である。
安土宗論（安土問答）は織田信長の命により、浄土宗の玉念、貞安などと法華宗の日珖・日諦・日淵などの間で行われ、浄土宗側が勝利している。敗れた法華宗は、今後は他宗を誹謗しないとの詫び証文を出させられた。（発端は玉念が安土城下で説法中に、法華宗から議論をふっかけられたことによる。法華宗から言えば折伏。）
安土宗論に関しては、信長の法華宗への陰謀説だとかもあるけど、その後の法華宗側の動き（特に反発せず一揆などを起こさず）をみると、陰謀説は無理がある（と思う）。
玉念上人は信長から直々に扇を賜っている。

浄遠寺には安土宗論の記録が残っている。